روند “مدیریت اسناد” پروسه ای بلند مدت و طولانی است. از این رو “آرشیو الکترونیک” به ذخیره‌سازی، محافظت و امکان دسترسی به اسناد الکترونیک می پردازد. بنابراین آرشیو دیجیتال آرشیویی است که اسناد الکترونیک به منظور حفاظت و نگهداری دائمی در مخزن ویژه و طی شرایط استاندارد نگهداری می‌شوند.

در زمینه حفظ و نگهداری آرشیو دیجیتال مشکلات متعددی وجود دارد. زیرا فناوری همواره در حال تغییر است. کامل شدن چرخه ی عمر اسناد به مدیریتها و متخصصین رایانه‌ای ارتباط پیدا کرده است و مدیران ارشد معمولاً اطلاعات زیادی در مورد آن ندارند. بنابراین رغبت زیادی هم به تغییر سیستمهای قبلی نشان نمی‌دهند. در عین حال انطباق با سرعت تحولات دشوار است. همچنین موضوع تامین بودجه مورد نیاز نیز همواره وجود دارد. موضوعات دیگری نیز همچون کهنه‌شدن و غیر قابل ‌استفاده شدن فناوری‌های قدیمی نیز وجود دارد. خطاهای انسانی را هم نباید از نظر دور داشت.
در اسناد الکترونیکی ، مواردی همچون حمله ی ویروس ها یا اشتباه کاربران که اطلاعات را تغییر یا حذف می کنند نیز وجود دارند.
نداشتن اطلاعات کافی در مورد اهمیت مدیریت اسناد الکترونیکی و یا داشتن سیاستهای نامناسب و ضعیف و دادن اولویت کمتر به مدیریت اسناد، وجود مدیران اسنادی غیر حرفه‌ای و نبود تجربه کافی در مدیریت اسناد الکترونیک، همچنین کنترل ناکافی در مرحله حذف اطلاعات غیر ضرور، نداشتن آموزش کافی و هماهنگی و نیز فقدان یک دستورالعمل و رویه‌کاری و یا استاندارد کلی از دیگر مشکلات و موانع در حفظ و نگهداری اسناد الکترونیکی می‌باشد.
موضوع عمده، حفاظت و نگهداری اسناد الکترونیکی ، فناوری ، شیوه‌ها و روشها و کاربران از نظر نوع برخورد و پذیرش آنها و ابزار از نظر داشتن یک سیاست روشن و نوع استاندارد بکار گرفته شده می‌باشد و نتیجه آن نیز تعیین اعتبار اسناد ـ، قابل خواندن بودن ،قابل درک بودن ، قابل اعتماد بودن ، امکان دسترسی و نیز یکپارچگی سیستم آنها می‌باشد.

توصیه‌هایی در زمینه مدیریت اسناد الکترونیک:
۱. ایجاد یک مرکز آموزش مدیریت و حفاظت از اسناد الکترونیک.
۲. بهبود کیفیت آموزشی مدیران اسناد الکترونیک.
۳. افزایش مستمر سطح دانش و آگاهی آرشیویست‌ها و مسئولان.
۴. بهبود سیاستها ، استانداردها ، رویه‌ها و اولویتهای عمده.
۵. تعیین مدیر اسنادی در همۀ مؤسسات دولتی.
۶. همکاری مداوم داخلی و بین‌المللی در زمینه مدیریت اسناد.
۷. اعطای بورسهای بیشتر آموزش و سمینارهای داخل و خارج از کشور.
با اجرای صحیح مدیریت “اسناد الکترونیک” می‌توان نسبت به دسترسی درست و صحیح به آن اسناد، در آینده اطمینان حاصل نمود و کنترل و نظارت آگاهانه‌ای دربارۀ اسناد انجام داد. جریان عمومی امور در عرصه‌های مختلف بخوبی گردش می‌کند و در نهایت حمایت‌های مناسب از حقوق شهروندان صورت می‌پذیرد.